A Várnegyed ékessége ez a kívül-belül csodálatos neogótikus templom, amely mai formáját a 19. század végén, Schulek Frigyes munkássága nyomán nyerte el. Bár építészetileg nagyon magas színvonalon készült el, ennek ellenére már a kortársak között is komoly vitákat okozott a helyreállítása, nézzük meg, miért is. A templom első alapkövét még a Tatárjárás után, IV. Béla idejében tették le, amikor elindult a Várhegy benépesülése. Az ezt követő korszakokban többször átalakították, a legjelentősebb a késő gótikus kori átépítése volt, amiről még az írott források is megemlékeznek, egy csodának titulált esemény kapcsán. Történt ugyanis, hogy “1384-ben vasárnapon a budai Boldogasszony-templomban amint a pap éppen első miséjét énekelte, leomlott a torony. Noha igen sok ember tartózkodott a templomban, mégsem veszítette senki életét.”- számolt be a korabeli krónika. A templom fénykorát Mátyás király alatt érte el, az uralkodó mind a két esküvőjét itt tartotta, de ekkor készült el a korábban leomlott déli torony pótlása is – amin a 19. században feltárták a templom nevét adó Mátyás címert is.

Az aranykor hamarosan véget ért, a török 1541-es bevonulásával a templomot mecsetté alakították – a berendezés megsemmisítése mellett a színesen festett falakat is fehérre meszelték. A győztes visszafoglaló ostrom után 1686-tól került újra katolikus kézre, a felújítások során már mint barokk templom született újjá – ezt láthatjuk Klösz György fotóján, ahol egyedül a Szentháromság szobor segít eligazodni, merre is járunk. Még a régi templomban tartották Ferenc József és Erzsébet királyné ünnepélyes magyar uralkodóvá való koronázását is. A díszes esemény után indultak meg a felújítási munkálatok Schulek vezetésével. Ám nem is igazán felújításról beszélhetünk, hiszen a korban az építész célja az volt hogy a templom eszményi, jelen esetben középkori állapotát állítsa vissza, és ezzel a dicső magyar nemzeti múltat méltón bemutató épületet állítson helyre. Az épület szakszerű feltárása valóban megtörtént, ám miközben egy méltóságteljes neogotikus templom rajzolódott ki az alapoktól, vele együtt elpusztult oly sok, a közbenső korok történeti emléke is, amit már a kortársak közül is többen sérelmeztek. Pedig a korszakban ez a metódus, vagyis az adott épület „legtökéletesebb” múltbeli változatának a visszaépítése beveett műemléki gyakorlat volt, legismertebb példája éppen a párizsi Notre-Dame, aminek híres vízköpői is csak a 19. században születtek. Forster Gyula utólag azt mondta, „Schulek olyan lelkiismeretes munkát végzett, hogy a régi templomból kő kövön nem maradt…”  Ennek ellenére mára a templom az egyik legnépszerűbb turistalátványosság, és nemzeti emlékhely. Hogy a templom méltó környezetben álljon, felépült mellette a szintén középkori hangulatot árasztó, de annál persze jóval későbbi Halászbástya.